Prag Yahudi Müzesi, 1906 yılında tarihçi Salomon Hugo Lieben ile Çek-Yahudi hareketinin temsilcisi ve şehir meclis üyesi August Stein tarafından kurulmuştur. Koleksiyonun temelini, Prag Yahudi mahallesinin yıkım sürecinde ortadan kaldırılan sinagoglardan getirilen eserler oluşturuyordu. Dünyanın en eski Yahudi müzelerinden biri olan kurum, Josefov’daki tarihi konumuyla 1992’den bu yana UNESCO Dünya Mirası Listesi’nde yer alan Prag tarihi merkezinin bir parçasını oluşturur.
Müze, tek bir bina değildir; Maisel, Pinkas, Klausen, İspanyol ve Eski-Yeni Sinagogları ile Chevra Kadisha Tören Salonu ve Eski Yahudi Mezarlığı’ndan oluşan bir yapılar topluluğudur. Avrupa’nın en büyük Yahudi törensel sanat koleksiyonlarından birini barındıran müzede, tekstil, gümüş ve farklı malzemelerden yapılmış 40.000’den fazla özgün nesnenin yanı sıra nadir el yazmaları, baskılar ve görsel sanat eserleri yer alır.
Pinkas Sinagogu bu yapıların en çarpıcı örneklerinden biridir. 1535’te geç Gotik üslupta inşa edilen bina, bugün duvarlarına Bohemya ve Moravya’dan yaklaşık 80.000 Yahudi kurbanın adının kazındığı güçlü bir Şoa anıtına dönüştürülmüştür. Üst katta ise 2025 yılında UNESCO’nun Dünya Belleği Kaydı’na alınan, Theresienstadt gettosundan (1942–1944) kalan 4.387 çocuk resmi sergilenmektedir.
Müzenin tarihi, Nazi işgali ve komünist dönem boyunca ağır baskılar altında geçmiştir. 1939’da Nazi işgalinin ardından kapatılan müze, 1942’de Merkezi Yahudi Müzesi adıyla yeniden açılmış, ancak bu girişim kurucuların amaçlarından tamamen farklı bir çerçevede yürütülmüştür. Savaş sonrasında toplanan eserlerin büyük bölümünü talep edebilecek kimse kalmamıştı; çünkü yaklaşık 77.297 Çek Yahudisi İkinci Dünya Savaşı’nda hayatını kaybetmişti. 1950’de devletleştirilen müze, 1989 Kadife Devrimi’nin ardından 1994’te binalarının Prag Yahudi cemaatine iade edilmesiyle yeniden özerkliğini kazanmıştır.
1965’ten bu yana müze, Bohemya, Moravya ve eski Habsburg İmparatorluğu’nun diğer bölgelerindeki Yahudi tarihi ve kültürünü inceleyen Judaica Bohemiae adlı akademik dergiyi yayımlamaktadır.
